1、育苗

　　采用盤式或床式育苗時，可將生物菌肥拌入育苗土中堆置，再裝入育苗盤。營養缽育苗時，先將生物菌肥均勻拌入育苗土中，再裝入營養缽育苗。因育苗多在溫室或塑料棚中進行，溫濕度條件比較好，易于微生物繁殖生長，可適當調整用量。

　　2、基肥(底肥)

　　生物菌肥用做基肥時，可與肥料混拌使用，隨拌隨用，避免長時間放置，可提高化肥利用率，減少化肥使用量。

　　生物菌肥也可做種肥，口肥使用。

　　3、拌種

　　選擇表面無傷口的種子，將種子放入菌肥中攪拌，使種子表面均勻粘滿菌肥后，在陰涼通風處陰干即可播種。拌種后不要放置在陽光下曝曬，也不要放置時間過長。

　　4、蘸根

　　將微生物菌劑兌適量水攪拌均勻，移栽時，將作物的根部在菌劑中蘸一蘸，根部粘滿生物菌劑后，再移栽，移栽完之后，可將菌劑加水稀釋后的液體澆灌在作物根部。

　　5、溝施

　　溝施一般為果樹常見的施肥方式之一，常見的施肥方式有：在相鄰的兩行果樹中間挖一條溝，也可在作物根系周圍挖溝，將肥料施入溝中，這種施肥方法持效期久、利用率高。

　　6、噴施

　　是一種用于追肥的施用方法。將生物菌肥或菌劑兌水后進行噴施，噴施在作物葉面和果實上。整個生育期中，可根據作物實際生長情況噴施生物菌肥。